داستان بازی Jagged Alliance 3 در سرزمینی به‌نام Grand Chien جریان دارد. کشوری که با منابع طبیعی غنی همراه شده و یک سری شکاف‌های عمیقی سیاسی هم در آن جریان دارد. زمانی را می‌بینیم که رئیس جمهور منتخاب ناپدید می‌شود و یک نیروی شبه نظامی معروف به نام لژیون کنترل حومه شهر را به دست گرفته است. حال این سرزمین دچار هرج و مرج شده است و خانواده رئیس جمهور هم تمام منابع خود را جمع آوری کرده و قصد کمک دارد. توافقاتی با شرکت‌های قدرتمندی مانند آدونیس انجام شده است تا گروهی از مزدوران ماهر بتوانند رئیس جمهور را به قدرت بازگردادند.

در این بازی، گروه بزرگی از مزدوران جمع شده و هر کدام هم دارای شخصیت‌ها، ویژگی‌های عجیب و غریب و پیشینه منحصر به فرد هستند. باید بیرون رفته و با افراد جدید ملاقات داشته باشید. گرند چین را کاوش کرده و با کسب درآمد، به آیتم‌های جالبی دست پیدا کنید. می‌توانید با افراد جدید هم ملاقات کرده و تیم خود را رشد دهید. در نهایت باید تصمیمات دیگری را هم اتخاذ کرده و سرنوشت کشور را تعیین کنید. یک سری نبردهای غنی و تاکتیکی داریم که می‌توانید امتیازات خود را از طریق آن افزایش داده و کم کم ویژگی‌ کاراکترهای خود را افزایش دهید.